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Jaap Zwart wurde 1955 geboren und bekam seine musikalische Bildung von seinem Vater Jaap Zwart sen. Er studierte als Hauptfach Klavier am Sweelinck Konservatorium in Amsterdam bei Jan Kruyt worin er 1977 sein Diplom erwarb. Bei Simon C. Jansen studierte er das Hauptfach Orgel. In den zwei darauffolgenden Jahren erreichte er das Solistendiplom für Orgel mit Lehrbefähigung. Am Königlichen Konservatorium in Den Haag schloss er sein Studium mit dem Diplom für Theorie der Musik ab.

Heutzutage ist Jaap Zwart Professor für Orgel an den Konservatorien von Amsterdam und Utrecht und lehrt Theorie, analytisches studieren und Improvisation.

Neben seiner ausgefüllten Konzerttätigkeit, ist er Organist der Grote of Andreaskerk in Hattem und Grote Kerk in Harderwijk.

Als Konzertorganist hat er ein besonderes Interesse für das französische und deutsche Repertoire der Romantik, mit einem Vorzug für große unbekannte Werke.

Nach seiner Bekanntschaft mit der alten aus 1550 stammenden Orgel in Hattem, hat sein Interesse für Alte Musik noch zugenommen.